L'azione dei Fondi strutturali si basa su quattro principi:

La concentrazione delle misure sugli OBIETTIVI PRIORITARI di sviluppo.

La programmazione elabora programmi di sviluppo pluriennali, mediante un processo decisionale condotto in partenariato che prevede diverse tappe. Le misure adottate sono in seguito amministrate dalle autorità di gestione.

Il partenariato comporta una cooperazione strettissima tra la Commissione e le autorità nazionali, regionali o locali interessate di ciascuno Stato membro, dallo stadio dell'elaborazione fino all'attuazione delle misure.

L'addizionalità significa che l'aiuto comunitario integra gli sforzi finanziari dello Stato membro, senza tuttavia determinare una riduzione di tali sforzi.

Le relazioni tra la Commissione e gli Stati membri sono improntate al principio di sussidiarietà. In base a questo principio, sancito dal trattato di Maastricht, un'istanza superiore di norma deve intervenire solo se l'obiettivo non può essere conseguito in modo soddisfacente da un'istanza inferiore. In pratica, sono le autorità di gestione nominate dagli Stati membri che selezionano i progetti da finanziare e ne gestiscono l'attuazione.